提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
84件(套)沈阳故宫藏珍品亮相广西南宁博物馆新春大展******
中新网南宁1月18日电(杨陈 王瑜佛丹)1月18日,广西南宁博物馆和沈阳故宫博物院携手推出的迎新春大展《皇朝的崛起——沈阳故宫藏清代宫廷珍品展》在南宁开展,给当地市民带来不一样的年味大作。
沈阳故宫是清朝前期营建和使用的宫殿,是目前中国保存完好的两大古代宫殿建筑群之一。其始建于后金天命十年(1625),是清朝定都北京前努尔哈赤、皇太极两位皇帝兴建和使用的宫殿,1644年清朝定都北京后,被尊为“陪都宫殿”。历经近四百年的沧海桑田,曾经的清宫遗珍,在无声地讲述着皇家的历史和深宫的岁月。
图为展览现场。 俞靖 摄本次展览共展出清明黄缎彩绣平金龙棉龙袍、清顺治帝御用牛角弓、清万年甲子元宝式火碗等共计84件(套)精美展品,通过后金兴起、发祥盛地、帝王气象、锦绣宫闱、皇室雅赏、皇室宗教六个单元,向广大观众介绍清代宫廷文化与艺术。
“一代发祥地、两代帝王都”,每一件文物都有故事,每一座宫殿都有生命。据南宁博物馆负责人介绍,此次展出的多件展品均为清代帝王御用之物。例如明黄缎彩绣平金龙棉龙袍,就是道光帝御用冬季龙袍。该龙袍立领,四开裾,马蹄袖,由明黄色缎制成,袍身彩绣平金龙纹,间以云纹、蝙蝠纹、八宝纹及帝王专用的十二章图案。
图为清霁蓝描金长方花盆 杨陈 摄展品熏貂皮盘龙秋帽为乾隆帝御用,貂皮制成,瓜皮形帽顶,顶为红丝绳编织的团龙状盘结,帽上部覆以红丝绳缨穗,下部为皮毛卷沿。
展品顺治帝御用牛角弓为木质,牛角包面,外侧贴桦皮,弓两端弓弭为角质,有凹槽可挂弦,弓弣饰褐色漆。弓背附黄纸条,上书“世祖章皇帝弓一张”等字样。
图为清穿珍珠凤凰佩花。 杨陈 摄该负责人表示,希望通过本次展览,能够带领广大观众认识与了解中国古代宫廷制度与礼仪文化,领略宫廷艺术的非凡魅力。
据悉,本展览展期为1月18日至4月18日,期间南宁博物馆还将配套有研学折页、研学课堂、知识互动小程序等各类活动项目。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |